Отдел „Фондове и научен архив“ координира и контролира движението, документалната и консервационно/реставрационна обработка на културните ценности и води техния научен отчет.
В отдела се опазват научно – справочните документи, отразяващи превръщането на документалните и веществени свидетелства за миналото в музейни ценности, както и огромна база от данни, свързана с историята на Регионален исторически музей – Благоевград.
Обособен е в три структурни части:
І. За историята, развитието и проблемите на музея.
ІІ. За извършваните сондажи, археологически проучвания и разкопки на територията на Благоевградска област.
III. За Личните фондове и колекция, съхранявани в научен архив – личен фонд „Мими Праматарова”; личен фонд „Спасина Хисарлъшка – Танова”; личен фонд „Димка Серафимова – Стоянова” и колекция „Научна документация от етнографски проучвания.
В отдела работят:
Михаела Василева – главен уредник