Развитието на Благоевградския регион през периода на праисторията (края на VII – V хил. пр. Хр.) е силно повлияно от географското му разположение, основно от долините на реките Струма и Места, които оформят естествени пътища, свързващи Източното Средиземноморие с Централна Европа. В Благоевградската област са регистрирани около 100 селища от неолита (VII – VI хил. пр. Хр.) и халколита (V хил. пр. Хр.), най-значимите от които са: Ковачево, Петрово, Катунци, Коларово, Дреновица, Долна Рибница, Дамяница, Илинденци, Брежани, Българчево, Струмско и Дренково.
Селището в м. „Ковачевски подини“ край Ковачево е едно от най-древните в Европа (6200 – 5500 г. пр. Хр.). То е проучвано в периода от 1986 г. до 2007 г. от българо-френска експедиция. Разкрити са множество къщи, като една от тях е с внушителната площ от 110 кв.м; ров, заобикалящ селището; воден канал и кладенец. Придобит е огромен археологически материал, включващ 21 тона керамика и 4000 дребни предмети: човешки фигурки, направени от глина и мрамор; голяма колекция от раннонеолитни глинени „печати” – пинтадери; накити от кост, мида, мрамор, нефрит и глина.
Втори по значимост обект е селището при с. Българчево в покрайнините на Благоевград. То се характеризира с много дълга продължителност на живот – от края на ранния неолит (средата на VI хил. пр. Хр.) до ранния халколит (V хил. пр. Хр.) със свидетелства от заселване през финала на късния халколит (IV хил. пр. Хр.), късната бронзова епоха (XIII в. пр. Xр.) и античността. В раннонеолитния пласт е разкрита опожарена къща със запазен цял инвентар, наброяващ над 50 цели керамични съда, две пещи, каменни теслички, три глинени женски фигурки и костени сечива.
През 2016 г. и 2017 г. е проучено огромно селище на площ от 100 дка, от неолита и халколита (втората половина на VI хил. пр. Хр. до първата половина на IV хил. пр. Хр.) в м. Османица, край с. Дамяница, във връзка с построяване на Автомагистрала „Струма“. Разкрити са уникални съоръжения като: бараж, направен от кирпич; пещи за изпичане на керамика; къщи от късния неолит, ранния халколит и късния халколит с богат вътрешен инвентар. Регистрирани са около 10 000 находки, като голяма част от тях са с уникално значение.
На територията на община Струмяни, в периода 2004 – 2018 г., е проучено още едно раннонеолитно селище в м. Масовец, с. Илинденци. Там е реализиран съвместен проект между РИМ-Благоевград, Фондация “Балканско наследство” и Община Струмяни със заглавие: “Раждането на Европа: разкопки на неолитно селище Илинденци – Масовец” под форма на полево училище по археология”.
Материалната култура на всички изброени селища е уникална, защото обединява традиции, идващи от юг (Тесалия, Северно Егейско крайбрежие), запад (долината на р. Вардар) и север (Дунавската долина). Материалите от разкопките се съхраняват във фонда на РИМ-Благоевград, като най-интересните са представени в постоянната експозиция. Тук посетителят може да се запознае с развитието на керамичните форми и украса от ранния неолит до късния халколит. Във витрините, посветени на духовния живот, са изложени човешки изображения; накити; печати; глинени цилиндри, покрити със знаци; модел на къща; столче и култови масички. Представен е също бита на праисторическите хора и основните им занимания (земеделие и лов); най-употребяваните сечива, направени от камък и кост; техниката на изграждане на къщи и вътрешен инвентар. Последните две витрини са посветени на най-популярното занимание в праисторията – изработване на съдове и тяхното украсяване чрез най-различни техники.
В раздел „Праистория“ работят:
Галя Вандева – уредник