Българските земи XV-ти началото на XX-ти век

   Отдел „Българските земи ХV – началото на ХХ в.” представя, популяризира и изучава историята на Пиринския дял на етнографската и географска област Македония, който в резултат на Балканските войни 1912-1913 г. влиза в границите на Царство България. Фондът наброява повече от 7 хиляди културни ценности – веществени, печатни, документални и снимкови материали. Обособени са 15 лични фонда на обществени и революционни дейци („Тишинови”, „Аладжови”, „Георги Цапев”, „Наум Руков”, „Мощански”, „Янаки Димитров”, „Никола Малешевски”, „Михаил Шокев”, „Серафим Сърбов”, „Баба Серафима”, „Рукови“, „Матови“, „Димкови“, „Костадин Титянов“ и „Борис Янишлиев“) и една колекция от книги, принадлежали на публициста Стоян Нейков.
 Важни документални и печатни свидетелства представят културно-просветната и религиозна еманципация на българите в епохата на Възраждането. Сред акцентите в постоянната експозиция на отдела е първото печатно издание на „История Славянобългарска“, отпечатано от Христаки Павлович през 1844 г. в Будим (Будапеща) под заглавие „Царственик или история Болгарская“, както и „Неделник. Поучително евангелие“ на Софроний Врачански.
  Преобладаваща част от документалните, снимкови и веществени артефакти в отдела илюстрират борбите за национално освобождение и обединение. Архивът на патриарх Кирил впечатлява с голям брой оригинални документи, отнасящи се до Кресненско-Разложкото въстание от 1878 г. Особен интерес представляват писмата на Гоце Делчев до Никола Малешевски, които третират важни въпроси, свързани с подготовката на въстание в Македония. Заслужават внимание оригиналните програмни документи на Вътрешната македоно-одринска революционна организация (ВМОРО) и Върховния македоно-одрински революционен комитет (ВМОК), както и богатият документален архив от писма, бележки и заповеди на войводата Дончо Златков.
Не може да се подминат като значимост и личните вещи на Ильо войвода, Ангел Герчев, митрополит Натанаил Охридски, първия Неврокопски митрополит Иларион, на дейците на ВМОРО Яне Сандански, Христо Чернопеев, Иван Попов, Андон Янев – Кьосето и др.