Фондовете на отдел “Нова и най–нова история” съхраняват над 33 000 единици музейни ценности, свързани с освободителното движение, Балканските и световните войни, с политическия, икономическия, обществения и културния живот на Благоевград и областта от 1912 г. до днес, разпределени в два раздела: „Нова история“ – 1912 – 1944 г. и „Най-нова история“ от 1944 г. до днес.
Веществените музейни ценности във фондовете на отдела включват: образци хладно и огнестрелно оръжие, военни и граждански ордени, медали и възпоменателни знаци, знамена на чети, пионерски дружини, спортни клубове и дружества, облекло, предмети от бита, сувенирни и наградни предмети от страната и чужбина, образци на занаятчийски и промишлени продукти, включително на предприятията от града и областта през 60-те и 70-те г., музикални инструменти и училищни пособия, колекции значки, плакети и вимпели от политически, спортни и културни събития, технически приспособления, уреди и апарати, грамофонни плочи и др. Сред уникалните музейни ценности са двете богато украсени копринени платна от 1915 г. с образа на цар Фердинанд I и с текст на Манифеста към българския народ от 1 октомври същата година.
Документалните и печатните ценности, които се съхраняват във фондовете на отдела са: документи на граждани и институции, удостоверения, свидетелства, грамоти, писма, пощенски картички, ръкописи, дневници, мемоарни и исторически записки, редки издания и периодичен печат.
Фотографските материали са оригинали и копия на снимки на лица и събития от началото на 20 век до днес. Значителен брой са: изгледи от някогашната Горна Джумая и днешния Благоевград, снимки от фронта и бежанските потоци, портретни и групови фотографии на военни лица и граждани, на горноджумайски и бежански фамилии, ученици и учители, членове на сдружения и състави, също – колекции от снимки, свързани с бележити събития – строителните кампании в града, преименуването на Горна Джумая през 1950 г., наводнението от 1954 г., фестивалът на политическата песен „Ален мак“, посещенията на държавни ръководители, известни личности и чужди делегации, градски манифестации, честванията на „Празника на моя град“, изявите на „Ансамбъл Пирин“, честванията на годишнини от основаването на Солунската гимназия (дн. НХГ „Св. Св. Кирил и Методий“ – Бивша Солунска), посрещането на Дипломатическият корпус в Благоевград през 1987 г. и др.
Научно-спомагателният фонд включва популярни печатни произведения – афиши, обяви, програми за представления, футболни мачове, конференции, бюлетини от всички изборни кампании и политически партии, обявления за културни събития в града, сведения за промишлените предприятия, за дейността на градските и окръжните ръководства на ДПО „Септемврийче“, ДКМС, БКП, ОФ, на профсъюзни, научно – технически, младежки и ведомствени организации и други материали, които подпомагат музейната и научната работа. Значителен брой музейни ценности са свързани със събития в окръга – създаване на ТКЗС по селата, доброволчески и бригадирски кампании, работа на трудови, младежки и партийни колективи, сведения за социално-икономическото състояние, за целите и задачите на управленските органи по места и т.н.
Личните фондове на лица и институции са над 30 и включват музейни ценности от всички видове.
Отделът провежда тематични ученически конкурси, научни и образователни дейности.
В отдела работят:
д-р Биляна Карадакова – уредник
Иван Стоянов – уредник